温かくしてお飲みください冷たくして飲んでも効果はありますか?

あまりお勧めできません。
他の漢方薬も含め、処方名の○○湯という文字を使っている場合は「温かくして服用してください」との意味があります。
漢方薬の命名には深い意味合いがあり、○○湯は温かいものが基本となります。(○○丸は丸剤-丸薬-、○○散は散剤-粉薬-)

1日3回を2回に減らしたら効果はなくなりますか?

効果はなくなりませんが、治療目的での服用ではおすすめできません。体調が悪い時や飲み始めの時は、1日3回の方が効果を実感できるものと思われます。

朝昼夜と時間通り飲まなくては効きませんか?

そのような事はありません。
外出時や朝起きた時、帰宅後、就寝前など一日のスタイルのなかで工夫して服用ください。

職場に持参して飲みたいのですが何を使えばいいですか?

保温できる小さいサイズの魔法瓶やステンレスボトルなどがお勧めです。